Comme Baume-Les-Messieurs ( Jura / Revermont), Baume-Les-Dames doit son nom et son existence a une abbaye, ici des Bénédictines crée au VIIème siècle, là où sainte Odile aurait recouvré la vue grâce au baptême. Leur présence contribua à la prospérité de la ville qui, au Moyen Age comptait autant d'habitants que Besançon.
Née d'un partage du Prieuré de Chaux vers 1173, Clerval traversé par le Doubs est le lieu de passaga obligé entre Montbéliard et Besançon. Souvent pillée et dévastée, elle est en outre ravagée par de nombreux incendies. Celui de 1534 ne laisse que 2 maisons.
La ville passe ensuite sous la nomination des Princes de Montbéliard et du Duché de Würtenberg jusqu'à la Révolution.
L'activité s'organise autour du travail du cuir - chemin des tanneries - mais aussi des Grands Moulins déjà célèbre au milieu du XIVème siècle.
Musée des Armes et du Souvenir-
Ce bourg castral se dresse sur le versant abrupt du Drigeon jusqu'au XVIème siécle. Il était entouré d'un épais rempart. En 1450, Philibert de Molans fonda l'ordre des chevaliers de Saint-Georges, en 1450 les cordeliers de Dôle construirent un couvent. Les sires de Rougemont édifièrent un château qui fut démoli en en 1809.
La cité est partagée entre le bourg du dessus et le bourg du dessous.